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Étudier les bactéries dans les poumons FK

OCTOBER 11, 2016

Nous avons récemment parlé à Fiona Whelan, étudiante boursière au doctorat à la McMaster University, qui étudie actuellement le microbiome pulmonaire – c’est-à-dire les microorganismes logeant dans les poumons des personnes atteintes de FK. Fiona tente de comprendre les microorganismes pulmonaires et comment ils interagissent les uns avec les autres, en espérant jeter encore plus de lumière sur la fibrose kystique. Elle cherche précisément à déterminer comment ils pourraient être impliqués dans les exacerbations de l’infection pulmonaire, soit la principale cause de maladie et de décès chez les personnes atteintes de FK.

Poursuivez votre lecture pour en savoir plus à propos des importants travaux de Fiona.

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Qu’espérez-vous apprendre en étudiant les microorganismes dans les poumons de personnes atteintes de FK?

Les microorganismes sont de petites créatures, comme des bactéries, des virus et des champignons. Depuis toujours, on attribue un caractère diabolique aux microorganismes (ou simplement « microbes ») car ils ont été associés à des infections très meurtrières comme le choléra et la peste noire. Toutefois, grâce aux percées technologiques réalisées au cours des dernières décennies, les chercheurs ont appris que les microbes ne sont pas tous néfastes. Au contraire, des initiatives comme le Projet sur le microbiome humain nous ont appris que les microbes sont omniprésents, tant à l’intérieur qu’à l’extérieur de chacun d’entre nous. La plupart des microbes ne sont pas méchants, mais nous aident plutôt à digérer les aliments dans notre estomac et à faire face aux infections sur notre peau.

Des bactéries sont présentes dans les poumons de la plupart d’entre nous. Ces microbes peuvent pénétrer dans nos poumons lors de la respiration, par le nez ou la bouche. Néanmoins, les microorganismes aiment particulièrement l’accumulation de mucus qui se trouve dans les poumons des personnes atteintes de fibrose kystique.

Les types de microbes que l’on retrouve dans les poumons des personnes fibro-kystiques sont généralement ceux que nous croisons tous chaque jour. Par exemple, Pseudomonas aeruginosa, un microbe courant dans les poumons FK, est partout autour de nous. Il est présent dans le sol, dans l’eau, dans nos maisons et même sur notre peau. De la même façon, Staphylococcus aureus et Haemophilus influenzae sont des bactéries qui se retrouvent couramment dans les poumons des personnes atteintes de FK, en particulier les enfants; ces microbes peuvent loger dans notre nez, notre gorge et notre environnement. Ces bactéries ne sont pas toujours néfastes, mais en présence de FK, elles peuvent causer de sérieuses infections pulmonaires. Nous voulons étudier à la loupe ces microbes afin de mieux comprendre leurs comportements. En particulier, nous voulons comprendre ce qui déclenche les poussées (ou exacerbations) chez les personnes atteintes de FK.

Pour y parvenir, nous (les membres du laboratoire du Dr Surette), avons choisi de cultiver en laboratoire tous les microorganismes que l’on retrouve dans les poumons des personnes fibro-kystiques. Selon les personnes, cela peut représenter de 50 à 100 organismes bactériens.

Qu’avez-vous appris de plus étonnant de vos travaux jusqu’ici?

Je crois que ce que j’ai appris de plus étonnant c’est le caractère unique du microbiome pulmonaire de chaque personne. Même si certains microbes comme Pseudomonas, Staphylococcus et Haemophilus se retrouvent couramment, de nombreux autres types différents peuvent aussi vivre dans les poumons des personnes atteintes de FK. Ce que nous, ainsi que d’autres chercheurs découvrons, c’est que les types et les quantités de microbes qui touchent cette population varient considérablement d’une personne à l’autre.

Comment ces travaux profitent-ils aux personnes fibro-kystiques?

L’unique but de nos travaux est de faire une différence dans la vie des personnes atteintes de FK. Nous espérons qu’à long terme, cette recherche nous permettra de mieux comprendre ce qui déclenche les exacerbations de la maladie pulmonaire. Nous espérons également que cela mènera à de meilleures options de traitement pour les personnes fibro-kystiques, ainsi qu’à une meilleure capacité de prédire les poussées de maladie pulmonaire pour que les patients puissent discuter d’un traitement précoce avec leur clinicien. Nous savons que d’autres bactéries, hormis celles habituellement soupçonnées, peuvent déclencher des exacerbations; le fait de savoir celles que nous devrions traiter aura une incidence sur la prévention et la prise en charge des exacerbations.

Qu’espérez-vous dans le futur en lien avec ces travaux et la FK?

Je crois que ce qui est le plus difficile pour moi en tant que chercheuse est d’expliquer pourquoi certaines de nos découvertes prennent parfois très longtemps avant de passer du stade de projet doctoral à celui de faire une différence dans la vie des personnes fibro-kystiques. Afin d’étudier les microbes que l’on retrouve dans les poumons des personnes fibro-kystiques, nous devons d’abord concevoir les outils scientifiques pour y parvenir. Une fois que nous avons ces outils, nous devons les tester pour nous assurer qu’ils fonctionnent comme ils se doivent. En tant que chercheurs, en particulier de chercheurs qui étudient une maladie si importante pour tant de personnes, nous devons nous assurer de poser les bonnes questions et d’y répondre de notre mieux.

J’espère qu’à l’avenir nous pourrons améliorer ce genre de communication entre le laboratoire et les patients afin que nous puissions étudier et découvrir des aspects de la FK qui importent pour les patients et leurs proches. En tant qu’équipe, nous voulons « Cultiver pour une guérison » c’est d’ailleurs le nom que nous nous sommes donné pour la Marche CARSTAR faites de la FK de l’histoire ancienne.

Biographie :

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Fiona Whelan est étudiante au doctorat et fait partie du laboratoire du Dr Michael Surette à la McMaster University. Elle combine la microbiologie et la bio-informatique pour étudier les bactéries qui vivent dans les poumons des personnes atteintes de fibrose kystique. Suivez Fiona sur Twitter @whelanfj.